禪寺始建于南朝梁武帝蕭衍天監年間（502-519年），原址位于溧陽城西北25公里處的舊縣村。宋元祐五年（1090年），遷至溧城鎮黃家村，改稱“秦公寺”。宋宣和年間（1119-1125年）稱為神霄宮，后又按例改為原名，丞相李綱寫了匾額。元時，報恩寺又一度盛興，浙江錢塘人、溧陽州教授仇遠寫《題報恩寺權公方丈》一詩，贊頌溧陽多寶地，報恩寺是溧陽寶地中之寶。

1994年，寺廟遷于天目湖畔，充分利用東陵山麓的自然環境和地域優勢，建造成為一座具有小乘佛教泰國寺院建筑風格、并融合中國大乘佛教文化特色的新報恩禪寺。

報恩禪寺歷史文物有：石井欄，為唐元和六年（811）建造，上有銘文，為蘑菇石制，造型古樸，1957年列為江蘇省保護文物；石烏龜（即赑屃），體積7.5立方米，原用作碑座，今重新立碑，上刻《重修報恩禪寺記》。

如今的報恩寺，從地貌全景看，正如一張太師椅，后面山頭如太師椅靠背，左右兩邊的山崗如太師兩側的扶手，該寺已成為游客瀏覽觀光流連忘返之勝地，是佛教徒潛心修行的好處所。